Неизвестные шиноби, которые себя называют Сора-Нин (Ниндзя Неба) из Страны Неба неожиданно нападают на Коноху, потому что в далеки времена, во время мировой войны шиноби, Коноха уничтожила почти полностью Страну Неба. Особенность ниндзь неба в том, что они, с помощью чакры и механического устройства могли летать и бомбить территорию Конохи.
В это время неизвестный мальчик пришел с обращением о помощи, помочь ему найти его Учителя, который сейчас в Конохе, так же просит помочь спасти его деревню. Команда шиноби состоящая из Сакуры, Хинаты и Наруто собираются помочь мальчику по имени Амару. Они находят его Учителя и провожают их обратно в деревню, где их ждет новые приключения и неожиданные встречи!
